Bezeichnendes Merkmal der Karstoberflächen ist das Fehlen einer durchgehenden Oberflächenentwässerung, obwohl Talungen nicht selten sind. Diese sind aber fossil. Wasser verschwindet im Karstgestein in sog. Ponoren (Schwinden). Verschwindet Flusswasser im Untergrund, dann spricht man von Flussversinkungen. Das versickerte Wasser folgt der Schwerkraft entlang von Klüften und Fugen in die Tiefe. Da viele Karstwässer für die Wasserversorgung genutzt werden, war es vielfach notwendig, Wasserschutzgebiete abzugrenzen und deren Wasserbewegungen zu kennen. Daher wurden karsthydrographische Arbeitsmethoden entwickelt. An Ponoren z.B. wird Färbemittel in das Versickerungswasser gegeben und dessen Weg und Sickergeschwindigkeit untersucht. Es zeigte sich, dass sich in Karstgebieten Wasserscheiden kaum exakt feststellen lassen und dass die natürliche Filterung der Wassers sehr gering ist.

Färbeuntersuchungen an der Donauversickerung bei Immendingen ergaben, dass im etwa 12 km entfernten Aachtopf nur noch wenig gefärbtes Wasser an die Oberfläche tritt. Daraus wird abgeleitet, dass zwischen der Flussschwinde und dem Aachtopf kein einheitliches Höhlensystem existiert. Das Donauwasser verliert sich also in reich verzweigten unterirdischen Höhlensystemen und nur ein kleiner Teil davon speist die Aachquelle (Wilhelmy S. 45). Die Aach fließt zum Bodensee. Damit ist die Donauversickerung bei Immendingen ein Beispiel für die unterirdische Anzapfung des danubischen Systems durch das rheinische (Borcherdt S. 32).