Als im 15. Jahrhundert Isabella von Kastilien Ferdinand von Aragon heiratete, begann die Geschichte des Nationalstaates Spanien unter den Zeichen der Pfeile (Isabella) und des Jochs (Ferdinand). Beide verbanden die Löwen von Léon und die Burgen von Kastilien sowie die Streifen von Aragon und die Adler Siziliens zu einem Wappen. Außerdem starteten beide Herrscher mit dem Symbol des Heiligen Johannes die Reconquista, einen Kreuzzug zur Rückeroberung spanischen Gebiets von den Mohammedanern. Isabellas und Ferdinands Wappen führte später die Inquisition an und ließ Kolumbus Mittelamerika erobern. Die Farben von Kastilien und Aragon begleiteten auch Karl V. in der Gegenreformation. Allerdings zeigt sein Wappen, dass der spanische Einfluß inzwischen weit über die iberische Halbinsel hinausging. Es enthielt u.a. die Symbole von Österreich, Burgund, Tirol und Sizilien.

Ab dem 17. Jahrhundert nahm Spaniens Bedeutung in Europa stetig ab. Es geriet unter den Einfluß Frankreichs, als ein Neffe Ludwig XIV. den spanischen Thron erbte. Im spanischen Wappen tauchen konsequenterweise die bourbonischen Lilien auf. Ende des 18. Jahrhunderts schuf Karl III. eine neue königliche Flagge: Gänzlich gelb, eingerahmt von roten Streifen und oben gekrönt. Erhalten blieben auf dem Gelb die Wappen von Kastilien und Léon.

Im Zuge der napoléonischen Besetzung, folgender republikanischer Aufstände sowie der Restauration der Monarchie verschwand aus der Flagge nur die Krone. Erst mit der 2. Republik (1931) trat eine deutliche Änderung ein. Drei gleich breite Streifen symbolisieren nun Gleichheit und Gerechtigkeit. Der untere Streifen geht ins Violette und erinnert an die Aufstände des 16. Jahrhunderts. Die Mitte der Flagge enthielt das traditionelle Wappen, allerdings wurden die Zeichen der Monarchie mit Burgen getauscht. Da die Republik dem nationalistischen Angriff der Truppen um Franco erlag, hielt die Neuerung nicht lange. Der Diktator ersetzte sie beinahe 35 Jahre durch die Wappen der katholischen Könige: Pfeile und Joch bzw. Adler. Erst nach seinem Tod stehen allein die Farben Rot-Gelb-Rot für die spanische Nation.